Thiên hoàng (天皇 - Tenno)
Theo Hiến pháp Nhật Bản, Thiên hoàng là “biểu tượng của Quốc gia và sự đoàn kết của dân tộc”. Dưới sự tư vấn và phê duyệt của Nội các, Thiên hoàng thực hiện việc ban hành và sửa đổi Hiến pháp, luật pháp, đưa ra các mệnh lệnh và hiệp ước trong Nội các, triệu tập Quốc hội, giải tán Hạ viện, tuyên bố tổng tuyển cử các thành viên trong Quốc hội, chứng thực việc bổ nhiệm và bãi nhiệm các Bộ trưởng và các quan chức khác theo quy định của pháp luật.
Ngoài ra, Thiên hoàng còn chứng thực ủy nhiệm thư và toàn quyền của các Đại sứ và Bộ trưởng, trao tặng các giải thưởng danh dự, chứng thực việc phê chuẩn các văn bản ngoại giao khác theo quy định của pháp luật, tiếp đón các Đại sứ và Bộ trưởng đến từ nước ngoài và thực hiện các chức năng nghi lễ. Thiên hoàng không giữ quyền hạn liên quan đến Chính phủ.
Thiên hoàng cũng thực hiện việc bổ nhiệm Thủ tướng và Chánh án Toà án Tối cao theo chỉ định của Quốc hội và Nội các.
A. Cơ quan Lập pháp
Quốc hội (国会 - Kokkai)
Quốc hội là cơ quan quyền lực cao nhất và là cơ quan lập pháp duy nhất của Nhật Bản. Quốc hội có quyền bổ nhiệm Thủ tướng. Trong Quốc hội gồm có Hạ viện và Thượng viện.
- Hạ viện (衆議院 - Shugiin)
Hạ viện hiện tại gồm 465 nghị sĩ. Nhiệm kỳ của các thành viên Hạ viện là 4 năm. Các ứng cử viên bầu vào Hạ viện phải từ 25 tuổi trở lên. Hạ viện có thể bị giải tán trước khi kết thúc nhiệm kỳ.
- Thượng viện (参議院 - Sangiin)
Thượng viện hiện tại gồm 242 nghị sĩ. Nhiệm kỳ của các thành viên Thượng viện là 6 năm nhưng cứ mỗi 3 năm thì sẽ được bầu lại một nửa số thành viên. Các ứng cử viên để bầu vào Thượng viện phải trên 30 tuổi. Thượng viên không bị giải thể như Hạ viện.
Cả Hạ viện và Thượng viện đều có quyền lực như nhau. Tuy nhiên, trong một số trường hợp đặc biệt, quyết định của Hạ viện sẽ cao hơn quyết định của Thượng viện.
B. Cơ quan Hành pháp
Nội các (内閣 - Naikaku)
Nội các là cơ quan có quyền hành pháp, bao gồm Văn phòng Nội các và 11 Bộ. Nội các bao gồm Thủ tướng và 17 thành viên là Bộ trưởng hoặc có chức danh ngang Bộ trưởng (bao gồm Chánh Văn phòng Nội các).
Ngoài ra, Nội các còn còn có Hội đồng Kiểm toán. Hội đồng Kiểm toán là một tổ chức độc lập theo Hiến pháp, có chức năng kiểm toán báo cáo quyết toán của Nhà nước, của các tập đoàn và cơ quan khác trực thuộc bộ máy nhà nước Nhật Bản.
Thủ tướng (首相 – Shusho)
Thủ tướng là người đứng đầu Nội các. Giúp việc cho Thủ tướng là các Bộ trưởng. Vị trí Thủ tướng sẽ được Nghị quyết của Quốc hội chọn ra và được Thiên Hoàng chỉ định. Thủ tướng phải là thường dân (không phải là người trong gia đình Hoàng tộc).
Thủ tướng có quyền bổ nhiệm và bãi nhiệm các Bộ trưởng. Thủ tướng là người đại diện cho Nội các, có trách nhiệm đệ trình các dự luật lên Quốc hội, báo cáo lên Quốc hội về các vấn đề chung và đối ngoại của quốc gia, và thực hiện kiểm soát và giám sát các nhánh hành chính.
Thủ tướng có quyền giải tán Hạ viện, tuy nhiên ngược lại Hạ viện cũng có quyền giải tán Nội các thông qua việc bỏ phiếu. Nếu việc bỏ phiếu này được thông qua, toàn bộ Nội các, bao gồm cả Thủ tướng, sẽ phải từ chức.
C. Cơ quan Tư pháp
Bao gồm Tòa án Tối cao (và các toà án cấp dưới như các Toà án Dân sự Tối cao, các Toà án Khu vực, Toà án Gia đình và Toà án sơ thẩm) nắm toàn bộ quyền tư pháp. Không có toà án đặc biệt nào có thể được thành lập, và không có cơ quan nào của nhánh Hành pháp có thể có quyền Tư pháp cuối cùng.
Chánh án của Tòa án Tối cao được bổ nhiệm bởi Thiên Hoàng theo chỉ định của Nội cá nhằm nhấn mạnh địa vị của Tòa án là độc lập với chính phủ được bầu. Các Thẩm phán của các toà án cấp dưới được Nội các bổ nhiệm từ danh sách các ứng viên do Toà án Tối cao đề cử.